يقترح مبدأ التكامل في خطاب العلم والدين أن المنظورات العلمية والدينية تقدم رؤى متبادلة الإثراء وغير متنافسة للواقع، والتي توفر معاً فهماً أكمل من أي منهما بمفرده. يؤكد هذا المبدأ أن العلم يتناول الأسئلة التجريبية حول الآليات الطبيعية والظواهر القابلة للقياس، بينما يتناول الدين الأسئلة النهائية للمعنى والغاية والقيمة. بدلاً من النظر إلى هذين المجالين كمتصارعين أو منفصلين تماماً، يقترح التكامل أنهما يعملان كعدسات متكاملة—مثل الأوصاف الموجية والجسيمية في ميكانيكا الكم—كل منهما يلتقط جوانب أساسية من الواقع لا يستطيع الآخر التعبير عنها بالكامل. وبالتالي يدعو المبدأ إلى نهج "كلاهما معاً" بدلاً من "إما هذا أو ذاك" لمزاعم الحقيقة العلمية والدينية.
يستلهم مبدأ التكامل من مفهوم نيلز بور (1927) في ميكانيكا الكم، والذي تم توسيعه فلسفياً من قبل علماء مثل إيان باربور في Religion and Science (1997) وجون بولكينغهورن في Belief in God in an Age of Science (1998). تظهر جذور سابقة في Personal Knowledge لمايكل بولاني (1958)، الذي حاجج من أجل توافق الموضوعية العلمية مع الالتزام الشخصي. طور آرثر بيكوك المبدأ بشكل منهجي في Theology for a Scientific Age (1990)، مقترحاً "الواقعية النقدية" كإبستمولوجيا مشتركة. صقلت ثلاثية Scientific Theology لأليستر ماكغراث (2001-2003) النهج أكثر، بينما طبق Rebuilding the Matrix لدينيس ألكسندر (2001) المبدأ على أسئلة علمية-لاهوتية محددة. قام علماء مسلمون مثل نضال قسوم في Islam's Quantum Question (2011) بتكييف المبدأ للسياقات الإسلامية، محتجين بأن المفهوم القرآني للآيات في الطبيعة يكمل الحقيقة المنزلة.
يحتج نقاد الطبيعانية العلمية بأن التكامل يُدخل خلسة مزاعم دينية في المجالات التجريبية، حيث يؤكد جيري كوين في Faith Versus Fact (2015) أن الدين يقدم ادعاءات قابلة للاختبار تفشل في الفحص العلمي. يخشى النقاد اللاهوتيون أن المبدأ يقسم الإيمان إلى حجرات، مختزلاً إياه إلى قيم ذاتية بينما يتنازل عن المزاعم الواقعية للعلم—وهو قلق أثاره فولفهارت بانينبرغ في Theology and the Philosophy of Science (1976). يرد المدافعون بأن التكامل لا يعني بالضرورة تقسيماً صارماً بل يعترف بمستويات مختلفة من التفسير، كما يحاجج جون هوت في Science and Religion: From Conflict to Conversation (1995). يؤكدون أن رفض التكامل يفرض اختزالية غير ضرورية، سواء كانت مادية علمية أو حرفية كتابية، وكلاهما يُفقر الفهم البشري للحقائق المعقدة مثل الوعي والأخلاق والجمال.
يختلف مبدأ التكامل عن أطروحة الصراع برفضه الحرب المتأصلة بين العلم والدين، بخلاف السرديات التاريخية لدرابر ووايت. وبخلاف نموذج الاستقلال (NOMA)، يسمح بتفاعل ذي معنى بدلاً من الفصل الصارم للسلطات. يختلف عن نموذج الحوار باقتراح تكامل أعمق يتجاوز مجرد المحادثة، وعن نموذج التكامل بالحفاظ على تمييزات منهجية أوضح بين البحث العلمي واللاهوتي. يحتل المبدأ موقعاً وسطاً، داعياً إلى مشاركة جوهرية مع احترام النزاهة التخصصية.