Le réductionnisme comme argument contre le théisme affirme que tous les phénomènes, y compris ceux traditionnellement attribués à l'action divine ou aux réalités spirituelles, peuvent être entièrement expliqués en les réduisant à des processus physiques plus fondamentaux. L'argument soutient que les phénomènes de niveau supérieur comme la conscience, la moralité et l'expérience religieuse ne sont rien de plus que des arrangements complexes de matière et d'énergie gouvernés par les lois physiques. Cette position défie le théisme en éliminant le besoin explicatif de Dieu, arguant que la réduction scientifique fournit des comptes rendus complets de la réalité sans reste. Le réductionniste soutient ainsi que les appels à la causalité divine ou aux entités non-physiques représentent des ajouts inutiles à notre ontologie quand les explications physiques suffisent.
Le programme réductionniste moderne a émergé du matérialisme scientifique du 19e siècle, particulièrement dans les travaux de Pierre-Simon Laplace, qui a fameusement dit à Napoléon qu'il n'avait pas besoin de « l'hypothèse Dieu » dans sa mécanique céleste. Le positivisme logique du Cercle de Vienne, spécialement dans « La Construction logique du monde » (1928) de Rudolf Carnap, cherchait à réduire tous les énoncés significatifs aux données sensorielles ou au langage physique. Les défenseurs contemporains incluent Paul Churchland, dont « Scientific Realism and the Plasticity of Mind » (1979) préconise l'élimination de la psychologie populaire en faveur des neurosciences, et « Neurophilosophy » (1986) de Patricia Churchland. « L'Hypothèse stupéfiante » (1994) de Francis Crick exemplifie le réductionnisme fort sur la conscience, affirmant « vous n'êtes rien qu'un paquet de neurones ». « La Conscience expliquée » (1991) de Daniel Dennett offre un compte rendu réductionniste plus sophistiqué des phénomènes mentaux.
Les philosophes théistes répondent que le réductionnisme fait face à des lacunes explicatives insurmontables. Richard Swinburne dans « The Evolution of the Soul » (1986) argue que la conscience possède des propriétés irréductibles à la première personne qu'aucune description physique à la troisième personne ne peut capturer. L'argument évolutionnaire d'Alvin Plantinga contre le naturalisme soutient que le réductionnisme mine la fiabilité de nos facultés cognitives, créant une position auto-réfutante. Thomas Nagel, bien que non théiste, fournit des arguments anti-réductionnistes puissants dans « L'Esprit et le Cosmos » (2012), affirmant que la conscience, la cognition et les valeurs ne peuvent être accommodées dans une vision du monde purement physicaliste. Les réductionnistes répliquent que ces « lacunes explicatives » reflètent les limitations scientifiques actuelles plutôt que des barrières principielles, pointant vers les réductions réussies de la chimie à la physique et de la biologie à la chimie comme précédent pour le progrès futur dans la réduction du mental au physique.
Le réductionnisme diffère de la clôture causale en faisant l'affirmation plus forte que les propriétés de niveau supérieur ne sont rien au-delà de celles de niveau inférieur, pas simplement que les effets physiques ont des causes physiques suffisantes. Contrairement à l'éliminativisme, le réductionnisme préserve typiquement les phénomènes de niveau supérieur comme réels mais entièrement explicables en termes de niveau inférieur. Alors que le physicalisme affirme que tout est physique, le réductionnisme souligne spécifiquement la réduction inter-théorique. Le naturalisme méthodologique se restreint aux explications naturalistes dans la pratique scientifique sans les engagements ontologiques du réductionnisme.