Le naturalisme métaphysique affirme que la réalité consiste exclusivement en entités et processus naturels gouvernés par des lois naturelles, sans domaine, êtres ou interventions surnaturels. Cette position soutient que le monde naturel étudié par les sciences épuise ce qui existe, rendant les explications naturalistes non seulement méthodologiquement préférables mais métaphysiquement complètes. L'argument procède typiquement en affirmant que (1) les méthodes scientifiques fournissent notre accès le plus fiable à la réalité, (2) ces méthodes n'ont découvert que des entités et lois naturelles, (3) il n'existe aucune preuve crédible d'entités surnaturelles, et (4) nous devons donc conclure que seul le naturel existe. Ceci constitue à la fois une thèse ontologique sur ce qui existe et une thèse épistémologique sur comment nous pouvons savoir ce qui existe.
La position a émergé distinctement aux Lumières avec des figures comme le Système de la nature (1770) du Baron d'Holbach et L'Homme machine (1748) de La Mettrie, bien que des précédents antiques existent chez Épicure et Lucrèce. Les défenseurs modernes incluent L'Épistémologie naturalisée (1969) de W.V.O. Quine, A Materialist Theory of the Mind (1968) de David Armstrong, et Scientific Realism and the Plasticity of Mind (1979) de Paul Churchland. Les avocats contemporains comprennent The Atheist's Guide to Reality (2011) d'Alex Rosenberg, The Big Picture (2016) de Sean Carroll, et Naturalism and Religion (2018) de Graham Oppy. La position a gagné en importance à travers le positivisme logique et reste influente en philosophie de l'esprit et des sciences.
Les philosophes théistes argumentent que le naturalisme métaphysique ne peut rendre compte de la conscience, comme développé dans le "problème difficile" de David Chalmers et Mind and Cosmos (2012) de Thomas Nagel. Ils soutiennent que les objets abstraits comme les nombres et les lois logiques ne peuvent être naturalisés, comme l'argumente Alvin Plantinga dans Where the Conflict Really Lies (2011). L'ajustement fin des constantes physiques suggère un dessein au-delà des processus naturels, tandis que le réalisme moral semble requérir des fondements non-naturels, comme J.P. Moreland l'argumente dans The Recalcitrant Imago Dei (2009). Les naturalistes répondent en développant des théories physicalistes de la conscience (Patricia Churchland), des comptes nominalistes des abstracta (Hartry Field), des explications multivers pour l'ajustement fin (Max Tegmark), et une métaéthique évolutionniste ou constructiviste (Michael Ruse, Sharon Street).
Le naturalisme métaphysique diffère du naturalisme méthodologique, qui adopte simplement les explications naturelles comme stratégie de recherche sans engagement ontologique. Contrairement au physicalisme, il n'a pas besoin de tout réduire à la physique, permettant des propriétés émergentes et des sciences spéciales. Il va au-delà de la clôture causale (qui nie seulement l'intervention surnaturelle dans les processus naturels) en niant entièrement l'existence surnaturelle. Alors que le réductionnisme cherche à expliquer les phénomènes de niveau supérieur par des niveaux inférieurs, le naturalisme métaphysique est compatible avec des approches non-réductives qui nient néanmoins le surnaturel.