Le naturalisme méthodologique est le principe selon lequel l'enquête scientifique doit procéder en recherchant des causes et explications naturelles aux phénomènes, sans invoquer d'entités surnaturelles ou d'intervention divine. Cette approche affirme que, bien que la science ne puisse définitivement prouver ou réfuter l'existence de Dieu, la méthode scientifique doit fonctionner comme si seules les causes naturelles existaient, traitant l'univers comme un système causalement clos accessible à l'investigation empirique. L'argument contre le théisme émerge lorsque cette position méthodologique est interprétée comme impliquant que les explications surnaturelles sont soit inutiles soit inadmissibles pour comprendre la réalité, suggérant que le succès de la science naturaliste mine la justification de la croyance théiste.
Le principe trouve ses racines dans la révolution scientifique, avec le Novum Organum (1620) de Francis Bacon prônant la méthode empirique sur la spéculation théologique. Les formulations modernes ont émergé avec des figures comme Charles Lyell dans ses Principles of Geology (1830-1833), établissant la méthodologie uniformitariste, et Thomas Huxley défendant le naturalisme scientifique dans Evidence as to Man's Place in Nature (1863). Les défenseurs contemporains incluent Michael Ruse dans The Science-Religion Dialogue (2010), Robert Pennock dans Tower of Babel (1999), et Barbara Forrest dans Creationism's Trojan Horse (2004). Des philosophes des sciences comme Paul Kurtz dans The Transcendental Temptation (1986) et Maarten Boudry dans ses travaux sur les critères de démarcation ont raffiné les arguments expliquant pourquoi le naturalisme méthodologique constitue la meilleure pratique en enquête scientifique.
Les philosophes théistes répondent que le naturalisme méthodologique contraint artificiellement l'enquête et peut aveugler la science aux preuves de dessein ou d'action divine. Alvin Plantinga dans Where the Conflict Really Lies (2011) argue que le naturalisme méthodologique manque de justification philosophique et équivaut à une pétition de principe contre le théisme. Del Ratzsch dans Nature, Design, and Science (2001) soutient qu'exclure a priori les explications surnaturelles est dogmatique plutôt qu'empirique. Les partisans rétorquent que le succès du naturalisme méthodologique dans la génération de connaissances fiables valide son approche, que les explications surnaturelles ont historiquement entravé le progrès scientifique, et qu'autoriser des causes non-naturelles rendrait la science non-falsifiable et détruirait son pouvoir prédictif.
Contrairement au naturalisme métaphysique, qui affirme ontologiquement que seules les entités naturelles existent, le naturalisme méthodologique est ostensiblement neutre sur la réalité ultime tout en prescrivant la méthode d'investigation. Il diffère de la clôture causale, qui affirme spécifiquement que les effets physiques n'ont que des causes physiques, et du réductionnisme, qui prétend que les phénomènes de niveau supérieur se réduisent aux processus physiques de niveau inférieur. Tandis que le physicalisme fait des affirmations sur la nature fondamentale de la réalité, le naturalisme méthodologique ne concerne que l'approche appropriée à l'investigation scientifique.