La thèse du conflit affirme que la science et la religion sont des domaines d'investigation humaine fondamentalement incompatibles qui ont été, et demeurent, en conflit perpétuel. Cette position soutient que les affirmations scientifiques et religieuses sur la réalité s'excluent mutuellement, que les méthodologies de la science et de la religion sont irréconciliables, et que le progrès historique en science s'est constamment fait aux dépens de l'autorité religieuse. La thèse argue typiquement que l'investigation empirique et la croyance basée sur la foi représentent des cadres épistémologiques opposés qui ne peuvent être harmonisés sans compromettre l'intégrité de l'un ou des deux domaines. Les partisans soutiennent que l'avancement de la connaissance scientifique érode inévitablement la croyance religieuse, tandis que les engagements religieux entravent le progrès scientifique.
La thèse du conflit a émergé de manière proéminente à la fin du 19e siècle à travers les œuvres de John William Draper, History of the Conflict between Religion and Science (1874), et d'Andrew Dickson White, A History of the Warfare of Science with Theology in Christendom (1896). Ces textes fondateurs dépeignaient l'histoire comme une série de batailles entre scientifiques éclairés et clergé obscurantiste. La thèse a gagné une vigueur renouvelée avec le mouvement du Nouvel Athéisme, particulièrement à travers The God Delusion (2006) de Richard Dawkins, Breaking the Spell (2006) de Daniel Dennett, et Faith Versus Fact (2015) de Jerry Coyne. Les défenseurs contemporains incluent Victor Stenger, qui a argumenté dans God: The Failed Hypothesis (2007) que la science réfute directement les affirmations religieuses, et Steven Pinker, qui maintient que la rationalité scientifique déplace nécessairement la pensée religieuse.
Les critiques de la thèse du conflit argumentent qu'elle repose sur une lecture sélective et simplifiée de l'histoire. Des historiens des sciences comme Ronald Numbers dans Galileo Goes to Jail and Other Myths (2009) et Peter Harrison dans The Territories of Science and Religion (2015) démontrent que de nombreux scientifiques pionniers étaient des croyants dévots dont la foi motivait leurs recherches. Science and Religion: Some Historical Perspectives (1991) de John Hedley Brooke montre que la relation a été bien plus complexe qu'une simple guerre. Les défenseurs répondent que bien que des scientifiques individuels puissent être religieux, le naturalisme méthodologique de la science reste incompatible avec les explications surnaturelles. Ils maintiennent que les harmonisations apparentes représentent soit une compartimentation, soit un compromis des principes scientifiques, pointant vers les controverses continues sur l'évolution, la cosmologie et les neurosciences comme preuve de tensions irréconciliables.
La thèse du conflit diffère des autres modèles science-religion par son approche à somme nulle. Contrairement au modèle d'indépendance (NOMA), qui assigne des magistères séparés à la science et à la religion, la thèse du conflit nie tout domaine légitime pour les affirmations religieuses sur la réalité. Elle rejette la vision du principe de complémentarité selon laquelle science et religion offrent des perspectives différentes mais compatibles, et s'oppose à la tentative du modèle d'intégration de synthétiser les insights scientifiques et théologiques. Alors que le modèle de dialogue cherche un engagement constructif entre disciplines, la thèse du conflit voit de tels efforts comme fondamentalement malavisés.